Jérémie Bourdon (LINA, Nantes)

Après une présentation du domaine de la bioinformatique et de son sous- domaine, la biologie des systèmes, je présenterai deux travaux réalisés ces dernières années.

Le premier travail que je présenterai a pour but d’illustrer l’apport que peut représenter une analyse en moyenne dans l’étude du comportement d’un système biologique (décrivant les mécanismes de fonctionnement d’un individu) lorsque ses paramètres sont appris sur des données de population. J’illustrerai notamment l’apport de l’utilisation des co-variances inhérentes aux données dans la réfutation de modèle.

La seconde étude que je présenterai se place dans le cadre de l’analyse des réseaux métaboliques. Dans ce cadre, les problèmes biologiques se représentent par des systèmes d’équations linéaires et les questions biologiques posées se formulent par des problèmes de programmation linéaire ou de programmation linéaire en nombres entiers. Je discuterai d’un problème en ingénierie métabolique qui consiste à trouver la meilleure construction possible pour améliorer les performances métaboliques d’un système biologique. Enfin, je dresserai une liste rapide de quelques travaux que je mène actuellement en bioinformatique.