Assemblage et mapping de données NGS, on en est où ? peut-on s’en passer ?

Les nouvelles générations de séquenceurs (NGS) apportent un changement significatif et sans précédent dans le paysage de la génétique. Ces technologies permettent, pour quelques dizaines de milliers d’euros, de séquencer du matériel biologique, avec un débit largement supérieur aux séquenceurs “historiques”. Cependant les données sont produites sous forme de courts fragments de séquences chevauchants appelés les reads.

Dans cet exposé nous ferons un bref état de l’art des techniques permettant d’assembler ces reads pour retrouver la séquence initiale et nous verrons un algorithme qui extrait des informations de ces reads bruts tout en évitant cette phase d’assemblage.