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Séminaire Algorithmique

Site du CNRS

Séminaire Algorithmique

Le séminaire a lieu le mardi à 11 h 45 (sauf modification exceptionnelle), au campus Côte de Nacre, bâtiment Sciences 3, salle S3 351, 3ème étage.

Résumé du séminaire du Mardi 23 Novembre 2010

Assemblage et mapping de données NGS, on en est où ? peut-on s’en passer ?

par Pierre Peterlongo (IRISA, Rennes)

Les nouvelles générations de séquenceurs (NGS) apportent un changement significatif et sans précédent dans le paysage de la génétique. Ces technologies permettent, pour quelques dizaines de milliers d'euros, de séquencer du matériel biologique, avec un débit largement supérieur aux séquenceurs "historiques". Cependant les données sont produites sous forme de courts fragments de séquences chevauchants appelés les reads.

Dans cet exposé nous ferons un bref état de l'art des techniques permettant d'assembler ces reads pour retrouver la séquence initiale et nous verrons un algorithme qui extrait des informations de ces reads bruts tout en évitant cette phase d'assemblage.

GREYC
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